未工商注册的私下协议有效吗

有效，但是因为未登记，对股东以外的人没有对抗力。
《公司法》第三十三条，公司应当将股东的姓名或者名称及其出资额向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。