土地承包合同违约金由转让人和受让人协商确定，协商时约定违约金的具体数额，在转让协议中载明。
最高院的司法解释规定，违约金最高不得超过合同标的的20%，土地承包合同违约金上限超过部分将得不到法院支持。
《民法典》第585条第2款规定：约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求法院予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院适当减少。但是违约金是当事人双方在订约时对一方违约后可能造成的损失的一种预先估算，与违约后守约方的实际损失不可能完全相符;故此可交由法官自由裁量。
法律规定预定违约金，除了给当事人施加心理压力外，也避免了违约后损失计算的麻烦和当事人证明损失大小的麻烦，使当事人能迅速确定自己应当承担的具体责任。因此，当事人如需要法院增加违约金额、或者当违约金过分高于损失时，则需承担证明损失大小的责任。
从《民法典》的基本原则“平等、自愿、公平、诚实信用”等方面上讲，一般认为只要约定的违约金数额扣除实际损失后，其余款不超过主合同总金额的20%;就应当不属于“过分高于”的情况。
另外，《民法典》第119条规定：依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。这是意思自治在法律上的效力，故此合同一旦有效成立，当事人必须受合同约束。现在我国基本处于市场经济，所以现行法律没有对违约金的数额进行限制，在当事人的意思自治不违背有关法律法规禁止性规定的情况下，应予以尊重并应受法律保护。而违约金具有惩罚性也是理所当然，如果不对违约方惩罚，法律对守约方就没有任何鼓励和保护了。
所以如果当事人双方是约定了土地承包合同的赔偿金，那么当发生纠纷或者是有其中一方违约时，可以直接按照这个约定中的数额来进行赔偿。但如果双方因为约定的数额产生了纠纷，那可以直接请法院来进行判定，法院会根据当事人具体的损失的比例来进行判处。