检察院立案侦查的案件的程序为：接受案件，进行审查，再由本侦查部门进行初查，如果不属于检察院侦查范围的，移送到有关机关。如果有犯罪事实，需要制作《立案报告书》。再进行详细侦查，可以采取拘留、取保候审、逮捕等强制措施，最后查明犯罪事实的，侦查终结，移送审查起诉部门。
法律依据：《刑事诉讼法》第十九条刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
